紫外线照射
紫外线照射具有较好的杀菌效果是洁净室进行灭菌消毒的常用方法。其操作方法很方便，每次使用洁净室前，开启紫外线灯照射30~ 60min即可。不过为紫外线的效果有限，所以CEIDI西递不建议企业用手代巷化学消毒和最終灭菌。WHO的GMP（1992年版）第17.34条和17.65条均有此明文规定。
薰蒸
洁净室若使用了较长的时间
污染比较所重，则可以用甲醛，乳酸或硫磺薰蒸来进行彻底的灭菌。不过因甲醛中多含有微量的甲酸，对镀锌风管等有一定的腐蚀性，所以CEIDI西通都会建议企业来用不锈钢管。

喷雾
喷雾可促使空气中微粒及微生物沉降，防止桌面、地面上的微生飞场，并有杀菌作用，因此tCEIDI西递也会建议企业采用5%石炭酸喷愛来进行杀菌。